Die Staatsregierung wählt die Natura 2000-Gebiete unter Beteiligung der Betroffenen aus.
Die oberste Naturschutzbehörde wird ermächtigt, die Natura 2000-Gebiete sowie die Gebietsbegrenzungen und die Erhaltungsziele dieser Gebiete durch Rechtsverordnung festzulegen; die Rechtsverordnung ergeht im Einvernehmen mit den Staatsministerien für Wohnen, Bau und Verkehr sowie für Ernährung, Landwirtschaft, Forsten und Tourismus.
Die Unterschutzstellung nach § 32 Abs. 4 BNatSchG kann auch dann unterbleiben, wenn Maßnahmen auf Grund von Förderprogrammen einen gleichwertigen Schutz gewährleisten.