Die Verordnung (EG) Nr. 45/2001 des Europäischen Parlaments und des Rates vom 18. Dezember 2000 zum Schutz natürlicher Personen bei der Verarbeitung personenbezogener Daten durch die Organe und Einrichtungen der Gemeinschaft und zum freien Datenverkehr (16), insbesondere die Artikel 21 und 22 über die Vertraulichkeit und die Sicherheit der Verarbeitung, gilt für die in Anwendung dieser Verordnung erfolgende Verarbeitung personenbezogener Daten durch die Organe, Einrichtungen, Ämter und Agenturen der Union.
Allerdings sollten Fragen im Zusammenhang mit der Zuständigkeit für die Datenverarbeitung und mit der Datenschutzaufsicht geklärt werden, wobei zu berücksichtigen ist, dass der Datenschutz von entscheidender Bedeutung für den erfolgreichen Betrieb von Eurodac ist und dass die Datensicherheit, die hohe technische Qualität und die Rechtmäßigkeit der Abfrage wesentlich sind, um das reibungslose und ordnungsgemäße Funktionieren von Eurodac zu gewährleisten sowie die Anwendung von Verordnung (EU) Nr. 604/2013 zu erleichtern.